吳都闔閭城遺址是江南地區規模最大的早期王都遺址，曾入選2008年全國十大考古新發現。由于遺址地處太湖之濱、風景絕佳，博物館設計構思強調保護遺址本體及其所處自然環境，在此基礎上推進遺址與周邊歷史及景觀資源的整合，以期最大程度的發揮遺址本身所具有的文物與社會價值。
獨特的選址理念
建筑選址以“建筑修補山體”為理念，巧妙利用場地廢棄的采石場山體缺口布置建筑主體，最大程度的減小建筑對現狀自然環境的侵擾。豎向展開的博物館布局也在一個較高的地形上突出了建筑布局與闔閭城遺址以及太湖景觀的空間與視線聯系。選址理念對環太湖地區的自然環境保護具有重要的示范意義。
新型的博物館功能模式
按照資源綜合集約利用的原則，配置以經營性用房為主的學術交流中心，實現“以館養館”的新型博物館運營模式。同時合理配置各類設施，使得博物館各種功能相對分區布置，其間又能保證便捷的聯系。
順應地形的豎向設計
妥善利用基地現有的地形起伏，精心組織不同高程的豎向設計。主入口廣場順應現狀地形從4米緩緩過渡到8米。在宕口底部13.5米標高布置文物庫房和停車庫，在17.5米標高組織博物館主要入口。這樣的空間序列為公眾參觀博物館建立了必要的心理儲備，使公眾懷著期待的心情走向高處的博物館。
人性化的步行系統創建
精心組織穿越博物館建筑屋頂的公眾登山流線，有效整合了場地現有景觀和歷史文化遺存，成功的將遺址本體、太湖景觀整合在博物館的參觀體驗之中，給觀者帶來強烈的震撼，為城市公共活動提供了重要場所。
開放融合的環境設計
在場地內布置了大面積集中綠地和水面，盡最大可能保護基地內原有的山體和古樹名木。建筑則通過屋頂的覆土綠化成為公園的延伸，在整體上構建出一個開敞的博物館形態，極大地豐富了太湖沿線景觀。
寓意深刻的造型設計
建筑外形以一個有著生命寓意的破裂蛋殼來寓意闔閭城遺址重見天日所獲得的永久新生，蛋殼形體的開口方向面對著闔閭城遺址，暗示著這里是吳文化的源頭。
